В большинстве рециркуляционных систем аммоний (NH3 и NH4+) утилизируются в процессе нитрификации, механической фильтрации, удаления осадка в ходе осаждения или водных подмен (van Rijn, 1996). Это витальный процесс очистки воды. Часто для предотвращения накопления нитрата и растворенных органических загрязнений 5-10% объема воды в системе ежедневно обновляют (Masser et al., 1999). При сравнении различных биологических процессов, участвующих в сохранении высокого качества воды, в традиционных прудах и системах с рециркуляцией, последние проигрывают. Традиционные, земляные пруды имеют низкое содержание неорганического азота, хотя приток богатых белком кормов высок.


